Лучше всего сделать образы дисков, положить их на жесткий диск и когда программа запрашивает тот или иной диск - монтировать соответствующий образ.
Удобная программа для этого Alcohol 120%, ею можно и создавать образы с дисков и монтировать их в виртуальный CDROM.